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P挿入位置近傍の遺伝子情報を得るには？
Date: Wed, 22 May 2002 17:01:42 +0900
From: "ANBUTSU, Hisashi"
Subject: [Jfly] P挿入位置近傍の遺伝子情報を得るには？
jflyの皆様
産総研の安佛です。
教えていただきたいことがあって投稿させていただきました。
私はEPを用いた遺伝子強制発現によるスクリーニングを行っています。現在，
inverse PCRでEP挿入位置を決定していますが，EPのflanking regionの配列情報を得
たあと，みなさんはどうやって挿入部位近傍の遺伝子情報を得られているのでしょう
か？自分なりにいろんなサイトを渡り歩いて調べてはみたのですが，どうもまわりく
どいことをやっているような気がしてなりません。そのような目的に特化した（また
は便利な）サイトなどがありましたら，併せて教えていただければ幸いです。
どうかよろしくお願いいたします。
安佛 尚志
産業技術総合研究所 つくば中央第六事業所
生物遺伝子資源研究部門 生物資源情報基盤研究グループ
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From: "Takashi Shiraiwa"
Subject: [Jfly] Re: P挿入位置近傍の遺伝子情報を得るには？
Date: Wed, 22 May 2002 14:11:39 -0400
安佛様
Yale Univ. でポスドクをしています白岩と申します。
Inverse PCRなどで得られたsequenceから近傍の遺伝子情報を得るのなら、BDGPの
BLAST searchを利用することをおすすめします。
http://www.fruitfly.org/blast/
ここで検索すると、結果の中に
（例）
gadfly|SEG:AE003583|gb|AE003583|arm:2L [2149384,2452739] ... 300 9.7e-07
1
という行がでてきます。
この中の SEG:AEXXXXXX （X:数値）のリンクをクリックすると、その近傍のマップが
表示されてsearchにかけた配列がどこに相当するのかが "Your BLAST hit"という
ボックスで表示されます。
このマップはその領域の遺伝子、P-element,その他の情報が含まれているのでとても
便利ですよ。
ただ、、、、、
このBLAST searchはひとつ問題があって、Inverse PCRで得られた配列の長さが極端
に短い場合に（30bp以下）、他のサイトでは候補をあげてくれるのに、ここではその
候補を表示してくれない場合があるんです。
そのときは他のサイトから「まわりくどい方法」でやっていかなくてはいけなくなり
ます。
Takashi Shiraiwa (Ph. D)
c/o Dr. John Carlson, Department of Molecular,
Cellular & Developmental Biology, Yale University
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Date: Thu, 23 May 2002 20:34:10 +0900
From: Makoto Hayashi
Subject: [Jfly] Re: P挿入位置近傍の遺伝子情報を得るには？
筑波大学古久保研の林です。
先日からGal4 P因子の挿入位置を決定するためにインバースPCRを
行いました。
インバースPCRで得られたsequenceデータをもとに挿入位置を決定
されるのでしたら僕もBDGPのBLAST searchを利用しております。
http://www.fruitfly.org/blast/
ここで検索する際にstep2のChoose datasetでcelera/BDGP whole
genome shotogun sequenceを選択することをお勧めします。これを選択
せずにsearchを行いますと時間がかかりますし、ゲノム中の同じ位置である
にもかかわらずBAC cloneなど複数の物がhitしてきますので、genomeに
限ってsearchされることをお勧めします。
次に、得られたsequenceデータが短いときですが、同じページの一番下
にありますBLAST Output Parametersの値を大きくされると候補をあげ
てくれます。
デフォルトでは、THRESHOLD の値が10になっておりますのでこの値大き
くして、条件を緩くすることにより挿入位置を知ることが出来ます。
林 誠（Makoto Hayashi）
筑波大学 生命環境科学研究科 1年
古久保-徳永研究室
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Date: Mon, 27 May 2002 12:37:29 +0900
Subject: [Jfly] P挿入位置近傍の遺伝子情報を得るには？
From: Masahiko Sakaguchi
信州大の坂口です。
flybaseでP挿入位置に関するinversePCR結果をクリックすると、
Genbank reportに飛びますが、
その中に例えば、34塩基決定の結果を示し
The P element insertion position is base 027 in the 34 bases.
と書いてありますが、これは26番目と27番目の間にPが挿入されている
ということでしょうか？27番目と28番目の間にPが挿入されている
ということでしょうか？
信州大学教育学部生物
坂口雅彦