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STS (sequence tagged site) とは？
Date: Mon, 25 Sep 95 16:30:56 JST
From: ryuアットマークccyi.ccy.yamaguchi-u.ac.jp
Subject: [Jfly] question
ごめん下さい。
cDNA クローンの塩基配列を blast でホモロジー検索にかけたところ
>emb|Z32239|DM65F1T D. melanogaster STS determined from European Mapping
Project cosmid.
Length = 229
のような結果が、全くことなるはずの２つのクローンにたいして出てきました。
そもそもＳＴＳとはどんなものなのでしょうか？ また、異なるクローンがＳＴＳの
配列を共通に含むことにはどんな意味があるのでしょうか？ ご存じのかたがいらっ
しゃいましたら、ご教示下さい。
Dr. Ryutaro Murakami
Biological Institute, Faculty of Science
Yamaguchi University
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Date: Mon, 25 Sep 1995 18:29:06 +0900
From: shayashiアットマークlab.nig.ac.jp (Shigeo Hayshai)
Subject: [Jfly] question
村上様
ヨーロッパのゲノムプロジェクトではコスミドクローンを染色体上にマップしてその
クローンの両端をsequenceしてsequence tagged site (STS)としています。マップの
決められた特有の配列と言うことです。ただ少し読んだだけならそれがユニークかre
petitiveかはわかりません。blastで引っかかった配列は100%homologyだったのでし
ょうか？ 村上さんの場合当たったSTSがrepetitiveなsequenceなのか、それともお
とりになったcDNAは実は同じmRNAに対するものだった可能性はあります。
林 茂生