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BDGP の BLAST search で検索がうまくいかない
From: yyamaguchiアットマークtake.biophys.kyoto-u.ac.jp
Date: Thu, 1 Jul 1999 18:23:02 +0900
Subject: [Jfly] BDGP BLAST search
Jfly の皆様
京都大学生命科学研究科竹市研の山口と申します。
BDGP の BLAST search で検索がうまくいかない(入力した配列を受け付けてもらえな
い）という経験をなさった方はいらっしゃいませんか？ 具体的には、blastn requi
res an nucleotide quary sequence というメッセージが戻ってきます。配列を小文
字で入力するとエラーがでるようなのですが、大文字で入力した場合も駄目な場合が
あります。W、Y など、ACGTN 以外の文字が問題なのかもしれないと推測しましたが
、含んでいても受け付けてもらえることも経験しており、法則性がつかめません。同
じ時に、複数の配列データ（いずれも ACGTN 以外の文字を含む）を search にかけ
ても、受け付けられる配列とそうでない配列に分かれることも経験しました。
解決法を御存知の方がいらっしゃいましたら教えていただけないでしょうか。よろし
くお願い致します。
山口 木綿子
yyamaguchiアットマークtake.biophys.kyoto-u.ac.jp
〒606-8502
京都市左京区北白川追分町
京都大学 大学院 生命科学研究科 竹市研究室
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Date: Fri, 2 Jul 1999 09:05:36 +0900
From: tmurataアットマークrtc.riken.go.jp (MuraTa, Riken Tsukuba)
Subject: [Jfly] [Jfly] BDGP BLAST search
村田アットマーク理研です。08:50です。
たったいまやってみましたが、小文字で1224文字、10文字毎にスペース一個、
60ヌクレオチド毎に改行のDNA配列で、うまく行きました。
試しにtakehidemurataという配列を途中に入れたのですが、これも解析してくれました。
が、間違ってtblastnをやってしまったのですが、
Please try again.
tblastn requires an amino acid query sequence
と言われてしまいました。
ATGCのみなので基本的には問題ないはずですが、拒否されました。
ためしに、一文字だけ「p」をいれてみたら、今度はうまく行きました。
なんらかの規準でアミノ酸配列かDNA配列かを見分けているようです。
利用者からの要請がある毎にその規準を変更して、昨日はダメだけど
今日はうまくいったということになっているのではないでしょうか？
管理者に報告するのが一番かと思います。
//
Takehide MuraTa Ph. D.
e-mail: tmurataアットマークrtc.riken.go.jp
personal HP: http://ac3.aimcom.co.jp/~tmurata/fly/
phone: +81-298-36-3612, fax: +81-298-36-9120
Tsukuba Life Science Center,
The Institute of Physical and Chemical Research (RIKEN)
Tsukuba Science City, Ibaraki 305-0074, Japan.
>>>> Japanese Address <<<<
村田 武英
305-0074 茨城県 つくば市 高野台 3-1-1
理化学研究所 ライフサイエンス筑波研究センター
//
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Date: Fri, 2 Jul 1999 11:15:08 +0900
From: njuniアットマークfly.erato.jst.go.jp (Naoto JUNI)
Subject: [Jfly] [Jfly] BDGP BLAST search
閉店間際のERATO 山元プロジェクトの従二です。
案外、60 nt毎の改行というのがミソかもしれません。
わたしも以前、DDBJ だったか Genebank だったか忘れましたが、query を受け付けてくれなかったことがありました。どうやら１行字数に制限があったみたいで、試行錯誤の末、途中に適当に改行を入れたら受け付けてくれました。遺伝子解析ソフトやエディターから、直接配列を copy & paste すると、たいていはすべての配列が１行として扱われて、文字列の最後に改行コードが一つだけという形にになります。短い配列なら問題なくても、長い配列を入れるときには問題があったようです。最近は、そういうことはなくなっているのかもしれませんが。
ご参考まで、
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Naoto JUNI, Ph.D. 従二 直人 （じゅうに なおと）
Yamamoto Behaviour Genes Project, ERATO, J.S.T.
c/o Mitsubishi Kasei Institute of Life Sciences
11 Minamiooya, Machida-shi, Tokyo 194-8511, JAPAN
194-8511 東京都 町田市 南大谷 11 三菱化学生命科学研究所内
科学技術振興事業団 ERATO 山元行動進化プロジェクト
(phone) 042-721-2334 (fax) 042-721-2850
(E-mail) njuniアットマークfly.erato.jst.go.jp
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