ImageJマクロ&プラグイン

共焦点ファイルをマルチレイヤーTIFFに自動で変換する方法・ImageJ マクロ&プラグイン：

ファイルメニューの Edit→Options→Memory & Theread を選び、使用メモリー量を増加させる。（ Max1450MB, それ以上にすると ImageJ が起動しなくなる。64bit 版ではこれ以上の値も設定可能。）

各社共焦点レーザー顕微鏡 3D ファイルをマルチレイヤー tiff に自動で変換するマクロ

本マクロで各社の共焦点ファイルを ImageJ で読むためには loci_tool というプラグインを ImageJ にインストールする必要がある。このプラグインのダウンロードは plugins.zip（5MB）から。

ダウンロードした Plugins の中身を、ImageJ/Plugins/ フォルダ内にそのままコピーする。その後 ImageJ を再起動させる。
（注：Plugins フォルダをコピーするのではなく、Plugins フォルダの中身のみ）

「FluoRender_3D_RGBmerge.txt」
各社コンフォーカルファイルから、複数のチャンネルを含むマルチレイヤーTIFFを作成する。データが3チャンネル以内の時には「RGB_tif」というフォルダを作成し、RGB ファイルをその内部に保存する。チャンネル数がそれ以上のときには「8_bit_TIFF_Files」というフォルダを作成し、8bit マルチレイヤー TIFF ファイルをチャンネルごとに「_A, _B, _C, _D」とファイル名の最後にアルファベットを付加してそのフォルダ内部に保存する。
「FluoRender_3D_16bit.txt」
基本的に上記のマクロと一緒だが、全てのチャンネルを 16bit マルチレイヤー TIFF ファイルで保存する。薄暗いシグナルが多いときや、透過光で撮影したデータが含まれる、またはデータが一枚のTIFFイメージからなる場合に有効。通常の共焦点データでは 8bit との差はほとんど見られない。（しかし今後、HDR機能を搭載したときにはこのマクロから生成される 16bit ファイルが必須となる。）

注意）各社の共焦点ファイルの中に複数のサンプルデータを入れると本マクロでは全て一つのサンプルとして認識して、大量のチャンネルを生成する。なので 1 ファイルにつき 1 サンプルのデータを入れるようにする。

各社共焦点レーザー顕微鏡 4D ファイルをタイムポイントごとに分れたマルチレイヤー tiff に自動で変換するマクロ

本マクロで各社の共焦点ファイルを ImageJ で読むためには loci_tool というプラグインを ImageJ にインストールする必要がある。このプラグインのダウンロードは plugins.zip（6.7MB）から。

ImageJ マクロとその走らせ方

マクロの TEXT ファイルを ImageJ で開き（ ImageJ ウィンドウの下側のバーにドラッグ & ドロップしても開ける）、マクロのテキストウィンドウをクリックして前面に出した状態で→ファイルメニューの Macros→Run Macro を選択。

注意）マクロを走らせるフォルダのファイルパス名や、内部に含まれるファイル名にスペースがあると、マクロが正常に動作しない。なのでスペースを入れたいときには _ アンダースコアーをいれること。

その後出てくるダイアログウインドウで、共焦点データが入っているフォルダを選択する。本マクロはフォルダを自動でスキップするが、ファイルは全て認識されるので、フォルダ内には共焦点データのみを入れるようにする。

本サイトで扱っているImageJ プラグイン

loci tools
http://www.loci.wisc.edu/ome/formats.html
様々な種類の共焦点ファイルを ImageJ で読めるようにするプラグイン。